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県環境部は１１、１２の両日、土壌中の放射性物質や有害物質の有無などを調査するため、事故現場への立ち入りを求めたが、現場を囲む規制線内に入ることが認められていない。１２日午後６時半現在、調査は実施できていない。
２００４年の沖縄国際大米軍ヘリ墜落事故を受け、日米両政府は日本国内の米軍使用施設・区域外で米軍機が墜落または着陸を余儀なくされた際に適用するガイドラインを策定した。県はガイドラインに沿って調査を求めているが、見通しは立っていない。
日米地位協定が壁となり県警が現場検証などに至れない問題に関し翁長知事は「日米合同委員会の中で日本政府に当事者能力がない。米軍に『二度とこういうことがないようにしてください』という話しかしない。豆腐にくぎのような状況だ」と指摘した。
事故当日、現場に近づけなかった東村の伊集盛久村長は、一夜明けた１２日午前９時過ぎ、現場から約５０メートルの場所で機体の残骸を確認し「あってはならないことが起きてしまった」と事故を非難した。東村議会（安和敏幸議長）の議員団８人も現地を視察した。
役場に戻った伊集村長は午前１１時過ぎ、小野寺五典防衛相から電話で謝罪を受けた。小野寺氏からは「事故原因が判明するまで訓練中止を検討する」との説明を受けたという。
